I fondi archivistici che costituiscono il patrimonio documentario dell'Archivio di Stato di Cagliari, ammontano a circa 9 km di scaffalatura. La formazione del nucleo storico dei fondi riflette la peculiarità delle vicende vissute dall'isola che, a partire dalla conquista catalano aragonese (1323) con la costituzione del Regnum Sardiniae, ebbe proprie istituzioni politiche, amministrative e giudiziarie sino alla cosiddetta "fusione perfetta" con lo Stato sabaudo (1847). Fatto istituzionale di fondamentale importanza che ebbe conseguenze dirette in campo archivistico: cessati gli uffici autonomi dell'antico Regnum Sardiniae, l'Archivio mutò regime giuridico passando dallo status di generale a quello di provinciale. Dall'Unità d'Italia in poi l'Archivio incrementa il suo patrimonio con il versamento periodico dei fondi provenienti dagli uffici periferici statali; possiede inoltre una notevole documentazione notarile di oltre 10.000 pezzi, formatasi a partire dal XV secolo, una raccolta di pergamene di varia provenienza (secc. XIV - XIX) e importanti archivi privati di famiglie e persone acquisiti mediante donazione, compravendita o eredità.
Per conoscere il patrimonio documentario conservato si dispone al momento di due sistemi paralleli, non contrastanti che si integrano a vicenda.
Il primo, la cui genesi risale alla pubblicazione dei primi inventari elettronici a partire dal 1998, è costituito dal sistema denominato Patrimonio documentario attraverso cui è possibile consultare l'elenco dei fondi redatto in ordine alfabetico o per periodizzazione storica e tipologia dei soggetti istituzionali produttori d'archivio. Di ogni fondo viene indicata la denominazione, gli estremi cronologici, la consistenza quantitativa e lo strumento di corredo o di consultazione.
Nei casi in cui al fondo archivistico è collegato uno strumento di corredo elettronico, la denominazione è evidenziata da un colore più scuro e dalla presenza del quadratino con il segno + che consente di espandere l'albero nell'articolazione in serie e nei successivi sottolivelli, sino alle unità.
A fianco della denominazione dei fondi corredati delle immagini dei documenti digitalizzate è presente un'icona con l'immagine di un documento.
Per i fondi dotati di inventario elettronico è stato implementato un motore di ricerca specifico che consente di effettuare indagini particolari su un fondo specifico o sull'intera banca dati.
Il secondo sistema che consente di conoscere il patrimonio documentario dell'Archivio di Stato di Cagliari e di effettuare ricerche è il Sistema Informativo degli Archivi di Stato (SIAS). Il patrimonio è consultabile attraverso la descrizione dei Complessi documentari con la rappresentazione multilivellare, comprendente le informazioni principali alla loro identificazione come la denominazione, gli estremi cronologici, la consistenza, le note storico-archivistiche e la bibliografia. Ciascun nodo della struttura è collegato al rispettivo Soggetto produttore (Enti, Famiglie e Persone) con informazioni relative al periodo di attività, alla storia istituzionale/biografia, all'ambito geografico, ai dati bibliografici e alle fonti utilizzate per la descrizione.
